Чтобы поставить joxi в автозагрузку, достаточно один раз открыть само приложение joxi, а затем с помощью чекбокса в Настройках указать "Запускать программу вместе с системой".

На xubuntu 14.04 после старта приложения, joxi само прописывается в автозагрузке, т.е. достаточно было один раз запустить приложение для его автозапуска.