Удаление NULL-bytes из строки на PHP.

Нулевые байты кодируются как "\0". Поэтому для их удаления делаем просто:

str_replace("\0", '', $text);

Удаляем NULL байты на bash.

sed -i 's/\x0//g' file.txt

Нужно иметь  в виду, что эта команду перезапишет существующий file.txt. Поэтому при необходимости делайте предварительно backup. Принцип здесь тот же: нулевой байт "\x0" заменяем на пустоту с помощью linux-команды sed.