git stash clear 

Эта команда удалит все сохранённые в git stash состояния. Обратите внимание, что эти данные невозможно будет восстановить.

Больше информации о том, что лежит в git stash, можно получить по ссылке.

Удалить один последний сохранённый git stash:

git stash drop

Очистить определённый stash по его номеру:

git stash drop stash@{NUMBER}

git stash drop stash@{3}