Нужно внимательно смотреть, вначале файлов есть bom. Git diff показывает следующий символ вначале файлов:

<U+FEFF>

Далее браузер кодирует этот байт кодом &#65279; что и видно в firebug.

Вначале файла имеется bom.

BOM — (byte order mark, метка порядка байтов) — это неразрывный пробел с нулевой шириной. Это невидимый символ. На практике используется для того, чтобы отличать различные представления unicode.

Нужно выбирать кодировку для файлов utf-8 без BOM. Для удаления bom из файлов в phpstorm нужно сделать:

в меню вкладка File -> Remove BOM.

Также BOM из файлов можно удалить в NotePad под windows и некоторых других редакторах. Или написать скрипт, который рекурсивно бы прошёлся по всем файлам и удалял BOM вначале файлов, если BOM имеется.