На данный момент travis не поддерживает версию mysql 5.6 из-коробки. У них стоит на github issue, но задача еще не выполнена. Поэтому будем ставить mysql вручную.

Перед установкой на travis mysql 5.6 нужно полностью снести mysql 5.5.

MySQL Percona Server 5.6 мне не удалось поставить на travis VM (Ubuntu 12.04 LTS precise). У меня возникала ошибка, описанная здесь. Как установить обычный MySQL 5.6 - смотри .travis.yml.

.travis.yml для travis с установкой mysql 5.6:

language: php

php:
  - 5.4

services:
  - memcached

before_script:
  - echo "extension = memcached.so" >> ~/.phpenv/versions/$(phpenv version-name)/etc/php.ini
  - sed -i "s/short_open_tag = .*/short_open_tag = On/" ~/.phpenv/versions/$(phpenv version-name)/etc/php.ini

  #install mysql 5.6
  - sudo apt-get remove --purge mysql-common mysql-server-5.5 mysql-server-core-5.5 mysql-client-5.5 mysql-client-core-5.5
  - sudo apt-get autoremove
  - sudo apt-get autoclean
  - sudo apt-add-repository ppa:ondrej/mysql-5.6 -y
  - sudo apt-get update
  - sudo apt-get install mysql-server-5.6 mysql-client-5.6
  - mysql -uroot -e "SET @@global.sql_mode = NO_ENGINE_SUBSTITUTION"