Привет. Вот смотрю код того самого install.sh http://www.mirror.litepanel.ru/install.sh Похоже, что скрипт, который вы скачали,  устанавливает все эти библиотеки, включая apache2:

installpack="apache2 php5 mysql-server php5-mysql php5-gd libssh2-php openssh-server python3 screen wget unzip mc phpmyadmin"

В общем подозреваю, что все запросы теперь до вашего сайта идут через какой-то шлюз. Например, может быть, что запрос от клиента прошел nginx, попал к Apache, Apache не смог запрос обработать, о чем сообщил nginx’у. В результате nginx отдает клиенту ошибку 502 Bad gateway. 

Для проверки попробуйте остановить apache sudo service apache2 stop и проверить работоспособность сайтов.